郓城法院共有内设机构12个，分别是：综合办公室、政治部、立案庭（诉讼服务中心）、刑事审判庭、民事审判一庭、民事审判二庭、行政审判庭（综合审判庭）、执行局、审判管理办公室、司法警察大队、机关党委、监察科。